目前学院拥有11个研究生学位授权点，每年招收硕士研究生400名左右，博士研究生30余名。

071000生物学

主要开展基因组学、蛋白质学、分子遗传学等方面的研究。相关研究工作由河北大学与中国科学院动物研究所、中国人民解放军军事医学科学院、中国科学院城市环境研究所等单位联合开展。

071001 植物学

包括菌根生物学与分子诊断、植物资源化学、植物分子生物学、植物根际营养与入侵植物4个研究方向。

071002 动物学

包括蛛形动物系统学与动物地理、昆虫系统学与多样性、动物分子生物学与应用、动物行为与神经调控、动物保护生物学5个研究方向。

071004 水生生物学

包括水生动物生理生化及分子生物学，水域生物监测、修复及资源保护，水生动物营养、免疫及疾病学3个研究方向。

071005 微生物学

包括微生物资源科学、微生物遗传育种与发酵、微生物系统学与多样性、微生物组学、分子病毒学5个研究方向。

071009 细胞生物学

包括细胞发育与分化、细胞分子生物学、肿瘤发生机制与诊断3个研究方向。

071010 生物化学与分子生物学

包括分子免疫学、分子遗传及行为学、遗传多样性与分子进化、生态基因组学、RNA生物学、分子毒理学、生物信息学7个研究方向。

0713 生态学

包括水域生态学与生态修复、动物生态学与多样性保护、植物生态学、全球变化生态学、与中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心联合培养5个研究方向。

078005微生物与生化药学

包括药物微生物遗传育种、药物微生物资源、生物转化与生物催化3个研究方向。

086000 生物与医药

包括生物技术与工程、药物筛选与合成生物学、细胞工程与细胞基因治疗、与中国人民解放军军事科学院军事医学研究院联合培养4个研究方向。

095132资源利用与植物保护

包括植物资源、动物资源和微生物资源利用、与中国科学院遗传与发育生物学研究所农业资源研究中心联合培养2个研究方向。