转录因子的进化、转录因子剂量变化与疾病发生的相关机制，基因组进化等生物信息学相关领域。

目前主持河北省高等学校科学技术研究项目“自噬相关基因的生物信息学分析”（项目编号：QN2017013），已完成河北省科技厅重点研发计划-农业关键共性技术攻关专项“杆菌肽高产菌株选育及发酵-吸附分离耦合工艺研究”（项目编号：15222912）。

作为主要参与人参与国家自然科学基金“从受体的角度研究细胞器基因向细胞核基因组转移的机制”（项目编号：31671321，第2承担人）。

1.Zhihua Ni, Xiao-Yu Zhou, Sidra Aslam and Deng-Ke Niu. Characterization of Human Dosage-Sensitive Transcription Factor Genes. Frontiers in genetics,10:1208. doi: 10.3389/fgene.2019.01208

2.倪志华,刘阿显,杨会然,樊瑞阳,李宝库.自噬标志分子ATG8同源蛋白的生物信息. 基因组学与应用生物学,2019,38(5): 1949-1956

3.聂恬,孟未群,李梦然,张玉明,倪志华*.凝结芽孢杆菌中耐热木酮糖激酶基因的克隆表达及生信分析[J].中国酿造,2019,38(08):142-147. (中文核心期刊，通讯作者)

4.倪志华,张玉明.利用一株凝结芽孢杆菌发酵酸解玉米秸秆生产乳酸[J].中国酿造,2019,38(07):44-47. (中文核心期刊，第一作者)

5.倪志华,张玉明,邓传怀,周艳芬.荧光光谱法研究杆菌肽与溶菌酶的相互作用. 食品科学,2016, 37,( 9):139-143

6.倪志华, 陈景春, 张玉明, 葛大勇,赵晓辉, 王淑芳.XeCl 准分子激光辐照对溶菌酶结构的影响. 生物物理学报,2011,27(12):1038-1044